Ozonun etkili olabileceği jinekolojik hastalıklar; vajinanın iltihaplı hastalıkları, ve idrar yollarını tutan infeksiyonlar, rahim ağzı yaraları, veya yumurtalık ve tüplerin iltihaplı hastalıkları, rahim, rahim ağzı, ve yumurtalıkların habis tümörleri, kanserleridir.

Ozon gerek mantar, gerekse bakteriler tarafından meydana getirilen enfeksiyonların tedavisinde etkilidir. Özellikle mantarlar ozon terapi ile hızla yok olurlar. Bu nedenle akıntılı-kaşıntılı vajinitler ozon terapi ile kısa sürede düzelir.

Kadın hastalıklarında ozon terapi çeşitli yöntemlerle uygulanabilir: Kan ozonlaması, intravajinal insüflasyon (vajina içine ozon verilmesi), ozon sauna, rektal insüflasyon (makat yolu ile barsağa ozon verilmesi). Vakaya göre bu yöntemlerin biri veya hepsi bir arada uygulanabilir.

İntra-vajinal ozon insüflasyonu şekilde görüldüğü gibi ince bir sonda yardımıyla vajinaya ozon verilmesi şeklinde gerçekleşir.

Tedavi sırasında kullanılan tüm malzemeler tek kullanımlık olup kişi sondasını kendi kendine yerleştirebilir.

Ozon Sauna da yine, vajinal mantar başta olmak üzere, vulva ve vajinanın klamidya ve benzeri çeşitli mikroorganizmalar tarafından oluşturulan infeksiyonların tedavisinde başarıyla uygulanır. 

Ozon sauna ayrıca bakteriyel ve mantar infeksiyonları başkat olmak üzere çeşitli üretra (mesanenin dışarıya açıldığı kanal) hastalıklarında da etkilidir.